Ancien pilote dans l'armée de l'air, il s'est trouvé mis à pied après avoir désobéi à un ordre pour sauver la vie de ses hommes. Il se trouve être le pilote de l'hélicoptère emmenant le général O'neill à l'avant poste des Anciens en Antarctique, et, s'asseyant machinalement sur le Fauteuil des Anciens, découvre posséder le Gène des Anciens, ce qui lui ouvre les portes de la Mission Atlantis, malgré la désapprobation du haut gradé de l'équipe, le colonel Sumner.

A leur arrivée sur Atlantis, les Tau'ri découvrent un peuple allié, les Athosiens, et un peuple ennemi, les Wraiths. Le colonel Sumner sera d'ailleurs victime d'une de leurs reines, ce qui fait de Sheppard le plus haut gradé de la cité. Sous le commandement du Docteur Weir, il monte rapidement une équipe d'exploration composée de Teyla, une athosienne, le docteur Rodney McKay, un scientifique, et le lieutenant Ford, un autre militaire.
Au fil des années, ils découvrent de nouveaux mondes, de nouveaux peuples et de nouvelles formes de vie, tantôt alliés, tantôt ennemis, et retrouvent même de vieilles connaissances telles que les Réplicateurs. A la mort du lieutenant Ford, l'équipe intègre Ronon, un runner de Sateda, qui ne déteste rien tant que les Wraiths qui l'ont capturé et ont massacré sa planète. Sheppard et lui deviennent rapidement amis, pouvant compter l'un sur l'autre en toutes occasions, même si Ronon a parfois bien du mal avec les citations de films et autres explications de matchs de hockey de John.
Promu Colonel, il se retrouvera sous les ordres du Colonel Carter puis de Monsieur Woolsy après la mort du Dr Weir.

Capturé par les Jedis, il s'allie à un Wraith pour se sortir de là. Refusant de le tuer après qu'il l'ait lui-même épargné, il le laisse repartir, peu certain de ce qui se passera s'ils se recroisent un jour. Ce qui arrive à plusieurs reprises par la suite, et si John promet à chaque fois qu'il ne laissera pas ce maudit Wraith s'en tirer comme ça, Todd finit toujours par trouver avantage à leurs alliances, même quand cela lui fait perdre son vaisseau mère... et ce, à deux reprises. D'ailleurs, il profite actuellement du confort de la cité revenue sur Terre. La suite des évènements? Bonne question.