Murtagh est le fils de Morzan, le chef des Parjures, meilleur allié de Galbatorix, et de Sélène, sa Main Noire. Il est né et a grandi à Uru'Baen (nom donné par Galbatorix à la capitale, Illirea), principalement élevé par une nourrice. En effet, la fonction de sa mère envers son père était trop importante aux yeux de ce dernier pour l'autoriser à perdre du temps avec son rejeton. Il a trois ans lorsque son père, dans un excès de boisson, lui lance son épée dessus. Il faudra tout le savoir faire d'un guérisseur pour lui sauver la vie, mais il gardera a jamais une cicatrice lui traversant le dos et se réveillant à lui certains jours.
Sa mère disparait alors qu'il a 5ans, usant de la magie enseigné par son époux pour être intracable, aussi bien pour lui que pour le roi lui-même. Après plusieurs mois d'absence, Sélène reviendra mourir au château de son père, et il n'aura guère le loisir de la voir une dernière fois. Quelques mois plus tard, son père est tué à son tour, ce qui, il faut bien le dire, n'est pas une perte extraordinaire pour lui. Le plus désagréable pour lui ce jour là fut d'être placé sous la tutelle de Galbatorix lui-même. Galbatorix qui tenta sans succès de le convaincre de se battre à ses cotés, et reprendre la place laissée vacante par Morzan.
Il a 18ans lorsqu'il préfèrera fuir grâce à l'aide de son maitre d'armes, qui sera tué dans l'opération. Il nommera d'ailleurs son cheval Tornac en hommage à cet homme.

Au cours de sa fuite, il croise la route de Eragon, Brom et Saphira, et les aidera à se sortir des griffes des Ra'zacs, qu'il traque depuis son départ de la capitale, ayant entendu Galbatorix les lancer à la suite d'un personnage semble-t-il important. Après la mort de Brom, il accepte de guider Eragon jusqu'aux Vardens, bien que ce soit à contre-coeur qu'il prend cette route, sachant par avance que ses origines le feront pendre sans autre forme de procès. Il explique d'ailleurs à Eragon qu'il n'ira pas avec lui jusqu'aux résistants. Durant leur trajet, ils profitent de leur temps libre pour se tester, remarquant qu'ils ont un niveau à l'épée quasi similaire. A l'approche de Gil'ead, Eragon est fait prisonnier et Murtagh et Saphira vont le libérer, récupérant l'elfe Arya au passage.

A l'approche de Farthen Dur, la citadelle naine où sont installés les Vardens, il n'a cependant pas le choix que d'y pénétrer à la suite de Eragon, acculés par une horde d'urgals descendant des montagnes. Il est aussitôt conduit en prison devant son identité et son refus d'être sondé par les Jumeaux. Son aide s'avère cependant précieuse durant la bataille sous Farthen Dur, et il accompagnera même Ajihad, chef des Vardens, à la poursuite des derniers survivants ennemis disséminés dans les tunnels.
Cependant trahis par les jumeaux, il est enlevé et conduit à Galbatorix, alors que Ajihad est tué. Durant des mois, on pensera de lui qu'il est tombé aux cotés du chef de guerre.

A Uru'Baen, il est soumis aux sortilèges de Galbatorix, qui force l'oeuf de dragon rouge à éclore pour lui. Il refuse d'abord de s'approcher de la créature, mais l'instinct de Thorn lui ordonne d'aller vers son Dragonnier, liant leurs destins à jamais. Murtagh n'aura plus lors le choix que de se soumettre au roi pour protéger la vie de son Dragon. Dragon qui sera un temps bien névrosé, un esprit de Dragonneau coincé dans le corps d'un Dragon adulte, à la croissance accélérée par la magie du roi. Qu'importe, le roi voulait son Dragonnier, il l'a, et le fait qu'il puisse en profiter pour s'amuser avec cet enfant capricieux ayant dans un premier temps refusé de le servir est un bonus.

Il apprend de la bouche du roi un fait qu'il s'empresse d'aller rapporter à Eragon lors de leur première confrontation d'ennemi à ennemi. Un fait qu'il utilise pour blesser le dragonnier. Galbatorix lui a appris qu'ils étaient frères. L'espoir du peuple se trouve être le fils du Parjure le plus célèbre du pays. Un fait qu'il lui répètera en Ancien Langage - et aucun mensonge ne peut être prononcé en Ancien Langage -, prenant plaisir à voir Eragon en tomber de désespoir. Il en profitera pour reprendre Zar'roc, l'épée de son père, des mains d'Eragon, proférant qu'elle doit revenir à l'ainé des fils.

Il reste à Uru'Baen les mois suivants, laissant son frère dans l'incertitude et dans l'attente, en profitant pour renforcer son lien avec Thorn et subir les sorts de Galbatorix et la mauvaise humeur de Shruikan. Jusqu'à ce qu'il soit de nouveau envoyé en mission. Au Du Weldenwarden. Les terres elfiques, normalement protégées par des sorts infranchissables... Seulement, la puissance magique de Murtagh, boostée par celle de Galbatorix - et peut-être quelques Eldunaris planqués dans ses sacoches -, parvient à passer outre les barrières. Gabatorix se sert alors de lui pour "discuter" avec Oromis par son intermédiaire, avant de tuer le vieux Dragonnier, entrainant dans le même temps la mort de son dragon, Glaedr. Un acte qui ébranlera Murtagh, qui se considère coupable de ce meurtre même s'il n'a pu qu'en être spectateur dans son propre corps.

S'il est lié corps et âme à Galbatorix, pieds et poings liés au roi et à sa magie, il parvient à exercer une certaine influence sur lui. Ainsi, quand le roi ordonne une attaque visant à tuer Nasuada, cheffe des Vardens, il parvient à le faire changer d’avis, le convaincant qu'il serait bien plus intéressant pour lui de l'enlever. Galbatorix étant loin d'être idiot, il le fera participer activement à la torture de la jeune femme. Mais Murtagh se déliera des serments le soumettant à lui, parvenant à revenir le soir venu soigner les blessures de Nasuada, et lui offrir un peu de magie lui permettant de ne pas souffrir autant qu'elle aurait du. Tout comme sa mère avant lui était parvenue à se libérer des sortilèges de Morzan grâce à son amour pour Brom, les sentiments qu'il éprouve pour la jeune femme l'aideront petit à petit à se libérer de Galbatorix. Il est cependant assez intelligent pour jouer le jeu jusqu'au bout, Thorn étant le seul à remarquer le changement chez son Dragonnier. Lors de la bataille finale, il se pliera donc au petit jeu de Galbatorix, décidé à voir les deux frères - demi-frères en vérité, Eragon ayant découvert entre temps sa parenté avec Brom - se battre jusqu'à la mort. Alors que Eragon parvient à le battre, Murtagh refuse de voir le jeune homme se soumettre au roi comme il a pu le faire et retourne sa magie contre Galbatorix, l'affaiblissant suffisamment pour permettre à Eragon de le tuer, manquant être tué lui-même et par son frère et par le roi par la même occasion.

Le roi et son dragon morts, tous (Eragon, Elva, Nasuada, Murtagh et deux enfants enlevés par le roi) échapperont à la chute d'Uru'baen sur le dos de Thorn et Saphira. Après avoir soigné ses blessures et celles de son dragon, il soignera les plaies de Nasuada, dues à la torture du roi, avant de disparaitre tout simplement. Après une dernière conversation avec Eragon et les esprits de Glaedr et Umaroth - le dragon de l'ancien chef des Dragonniers - qui ne les condamnèrent pas totalement pour leurs actes, leur passé et leur avenir, Thorn et Murtagh prirent leur envol vers le nord, là où ils pourraient se recentrer sur eux même loin de toute civilisation. Promettant de rester loin "jusqu'à ce que le monde ne paraisse plus aussi rempli de haine, qu'on ne se croie plus obligés de déchiqueter les montagnes et de rougir la mer de sang."

Après dix années d'absence, cependant, certains jurent avoir aperçu un immense dragon rouge traversant le ciel de la capitale. Ce qu'il en est? A vous de juger.